Именно в Тибете развивались все эзотерические учения , а также магия , которую ниндзя переняли у странствующих монахов , а из Китая к ним попали религиозные учения Будизм и Даосизм . Из Индии в ниндзюцу пришли " Мудры ( Кудзи ) " - тайные символы , создаваемые кистями рук и пальцев . " Мудры " были увековечены великим учителем Бхарата Натьяшастрой в Индии в 1 вв . до н . э . в своём произведении " Абхинайя - дарпана " . Ещё в 481 - 221 гг . до н . э . китайский военноначальник и великий философ Сунь - Цзы написал трактат " О военном искусстве " , в котором целая глава посвящена использованию шпионов . В 7 веке до н . э . принц Сётоку Тайси впервые использовал шпиона в борьбе против могущественного феодала за провинцию Оми . Тогда же и появился термин " Синоби " или " Нин " ( два этих слова пишутся одинаковым ие - роглифом , и переводятся как " невидимый " или " терпеливый " ) . Данные исторические факты показывают , что искусство воинов - невидимок было известно в феодальной Японии уже задол- го до периода его рассвета - периода Камакура ( 1192 - 1333 гг. ) .

В то время многие самураи были изгнаны из дворца и нашли себе убежище в горных провинциях Ига и Кога . Клан Кога состоял из 53 семей , которые вероятно объединились в период Тэнкйо . Это уже бы - ло после войны Мотидзуки Сабуро Камеие против Тайра Но Масакадо , в результате которой он получил немного земли с Юго - Востка провинции Омо . Область была названа Кога - Гун , после чего Мотидзуки изменил имя на Кога Они Но Ками Камеие . Его сын был талантливым в военном деле , философии в литературе . Он и считается основателем Кога - рю . Всему его обучил монах - буддист Татсумаки Хоши , который жил в их области . Традиции и техники клана Кога сохранялись семь поколений Они Но Ками , прежде , чем стали распространяться между другими семействами : Угаи , Наики и Акутагава . После 1395 года самыми известными семейными школами клана Кога стали : Кога - рю , Таро - рю , Отомо - рю , Шинпи - рю , Куруя - рю , Тайра - рю , Томо - рю , Фудживара - рю , Бьяку - рю , Тачибана Хачи Тэнгу - рю , а восемь основных семей клана : Кога , Мотидзуки , Угаи , Наики и Акутагава , Уэно и Нагано . Самыми сильными группами ниндзя клана Кога обладали семьи Хиругуми , Кауругу - ми , Тачибана Хачитенгу , Гуми и Кавачи Йон Тенгу Гуми . Вначале Ронины ( самураи без хозяина ) постоянно пополняли кланы ниндзя , но постепенно подобные горные общины переросли в полностью закрытые организации , где искусство ниндзя передавалось по принципу семейных школ , т . е . от отца к сыну .

Со временем искусство " Воинов - невидимок " всё больше и больше завоёвывало уважение виртуозных военных специалистов того времени . Во главе каждого клана стоял " Дзёнин " . Его место обычно занимали только члены клана , создавшего данную организацию . " Дзёнину " , как правило , подчинялись группы " Тюнинов " - военноначальников среднего звена , отвечавших за выполнение приказов " Дзёнина " . Группе " Тюнинов " подчинялись " Генины " - агенты - ниндзя , руками которых осуществлялась вся черновая работа . С 1467 года ниндзя получили признание от сёгуна Асикага Есимицу , а один из крупнейших феодалов Такеда Синген , пытавшись объединить Японию в единое государство имел целый отряд ниндзя из клана Кога в своём распоряжении . После его смерти , Ода Нобунага , человек , на жизнь которого не раз покушались клановые общины Кога и Ига , в связи с этим решил покончить с ниндзя и направил в провинцию Ига свой отряд . Ему удалось разгромить отряд ниндзя , многие из которых были схвачены и казнены , а оставшиеся разбрелись по стране . После убийства Нобунага его же людьми в 1590 году в опасности оказался будущий сёгун Токугава . Поддержку и спасение ему обеспечил легендарный ниндзя - Дзёнин Хаттори Ханзо , ставший в последствии главой его секретной службы .

Династия Токугава правила Японией более 200 лет , но поняв , какая опасность исходит от ниндзя , Токугава запретил практиковать ниндзюцу . Чтобы спасти технику и передать её потомкам , один из мастеров этого искусства в 1676 году составил энциклопедию , в которой описал различные техники , которые изучались кланами Кога и Ига , сохранив этим знания его традиций .